Nasceu em 1921, em Paris, onde atualmente vive. Obrigado a refugiar-se em Nanterre durante a ocupação da França pela Alemanha na Segunda Guerra Mundial, aderiu à resistência e adotou o apelido Morin (seu segundo nome é Nahoum). Simpatizante comunista, foi afastado de todas as atividades ligadas ao partido pela sua oposição ao estalinismo. Nunca deixou, como independente, de pensar e agir cívica e politicamente ao longo da sua vida.
Formado em sociologia cedo compreendeu a necessidade da integração das diversas áreas de saber. Os seus estudos inter e transdisciplinares foram inicialmente olhados com desconfiança por grande parte da comunidade científica, tendo chegado a receber, em 1965, uma “repreensão científica” da Direcção Geral de Pesquisa Científica e Técnica, onde desenvolvia trabalho de investigação.
O sucesso do seu livro de Le Paradigme Perdu. La nature Humaine (1973) e profundidade de La Méthode – obra em que trabalhou desde meados da década de 1970 e da qual publicou seis volumes entre 1978 e 2004 – levaram a que a sua crítica do paradigma científico da modernidade fosse levada cada vez mais a sério e que viesse a ser progressivamente reconhecido como o pioneiro e o principal teórico do paradigma emergente da ciência na viragem do século XX para o XXI: o pensamento complexo.
Após décadas de trabalho desalinhado e, muitas vezes, solitário, Morin é hoje considerado um dos mais importantes pensadores vivos. É director emérito do Centre Nationale de Recherche Scientifique, Presidente da Associação para o Pensamento Complexo, Presidente da Agência Europeia para a Cultura, membro fundador da Academia da Latinidade, co-director do Centro de Estudos Transdisciplinares da École des Hautes Etudes en Sciences Sociales.
É também investigador e membro honorário do Instituto Piaget, que dele publicou Introdução ao Pensamento Complexo, Vidal e os Seus, Terra-Pátria (com Anne Brigitte Kern), Amor Poesia e Sabedoria, Para uma Política da Civilização (com Sami Nair), A Sociedade em Busca de Valores (com Ilya Prigogine et al), Os Desafios do Século XXI, Os Sete Saberes para a Educação do Futuro, Educar para a Era Planetária (com Raul Motta), Repensar a Reforma, Reformar o Pensamento, A Cabeça Bem Feita, Diálogo sobre a Natureza Humana (com Boris Cylrunik), Filhos do Céu (com Michel Cassé) e A Violência do Mundo (com Jean Braudillard).
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